Begge søerne ligger i en tunneldal nær isens øst-vestgående hovedstilstandslinie. Tunnel- dalen havde sin gletscherport på Sønderhede få kilometer nordøst for Herrup by.

Isens afsmeltning efterlod en række isblokke i tunneldalen. Da de smeltede, dannedes søerne her.

Den store hedeflade, Hjelm Hede, med flyvesandsklitterne Grimme Bakker, blev skabt, da enorme smeltevandsfloder fra isranden skyllede sandbanker foran sig og udjævnede alt.

Da vandet omsider var væk, tog vinden fat og formede indsandsklitterne.

I midten af 1800- tallet blev der gjort forsøg på at tørlægge nogle af søerne. Men, der vældede så store mængder af grundvand frem fra sandbunden, at man måtte opgive.

I begyndelsen al 1900- tallet startede en plantning omkring søen, som et resultat af Hedeselskabets opkøb af mindre lodder.

Beplantningen blev udført som beskæftigelsesarbejde af straffefanger fra Horsens statsfængsel.

Omkring Flynder Sø og Stubbergård Sø er  et areal på ca. 2300 ha. nu fredet.

Copyright Holstebro Museum